2005-yilning 12-13 mayida Andijon shahrida ro'y bergan qonli voqealarni guvohlar va hukumat turlicha talqin qilgan. O'sha paytdagi rahbar Islom Karimov va uning ma'muriyatiga ko'ra, u tashqi kuchlar tomonidan qo'llab-quvvatlangan terror xuruji bo'lgan. O'sha kuni Bobur maydoniga prezidentni ko'rishga chiqqan, maxsus kuchlar o'qidan qochib, bir amallab jon saqlab qolgan fuqarolarning aytishicha esa tinch aholi nishonga olingan. Andijondagi qamoqxonaga bostirib kirilgan. Bir necha mahbus qochgan, soqchilar o'ldirilgan. Xalqaro hamjamiyat voqea yuzasidan BMT mustaqil tergov o'tkazsin deb chiqqan lekin O'zbekiston hukumati bunga yo'l bermay, uni o'zi taftish qilgan. O'nlab fuqarolar aybdor deb topilib, uzoq yillik qamoq jazosiga mahkum etilgan. Hukumat hisobicha, halok bo'lganlar soni 200 dan oshmaydi. Huquq himoyachilari esa yuzlab insonlar otib o'ldirilgan deydi.